公元1880年（清光绪六年）美国公理会在恩县庞庄设立教堂。1886年，办教会学校，初类似私塾。1895年，始分成两等小学。1900年后，男女分校，男校改为四年制中学，定名“崇正学馆”并附设小学；女校改为两等小学，定名为“培贞阁”。学生已发展到男女共110余名。
津浦铁路建成，德州地理位置起了变化，公理会的活动中心由庞庄转到德州。公理会在德州城东郊购买盐碱地约三百亩，修建医院和学校。于1916年（民国五年）秋，在校舍尚未全部竣工时，将在庞庄的男女两校迁来，男校定名为“博文中学”，女校定名为“卫氏女子中学”。男校三个班，学生共90余人；女校二个班，学生共30余人，由美国牧师梅克仁任校长。1922年（民国十一年），海尼格为校长。1926（民国十五年）在教育部立案，将男女两校合并，改名为“博卫中学”，分设男女两部，增设高中班，计男部高中二个班，初中三个班，学生共百余人；女部初中三个班，学生共50余人，后又改名为博文中学。所设课程，按照教育部颁发的课程标准实施。1927年（民国十六年）校长由牧师麻子尤接任。1929年（民国十八年），美国留学生王元信接任校长。同年，在山东省教育厅办理立案手续时，设高中三个班，学生30余人，初中六个班，学生120余人。1935年（民国二十四年），初中一、二、三年级各三个班，学生共281人；教师22名（其中美国人4名）。全校占地面积170亩，男部校舍十四座，面积16.601平方米，体育场面积11.718平方米；女部校舍八座，面积12.722平方米，体育场面积2.245平方米。自1921年起，美国格林尼亚学院毕业生每二年一轮来校任教。
1937年“七七事变”，十月德州沦陷，学校关闭。1938年（民国二十七年）春，学校开学，增设高中。高中每届一个班，初中每届二至三个班。1941年太平洋战争爆发，日美关系破裂。年底，学校被日本当局封闭。1942年春，该校的学生和部分教师，连同部分校产并于德县中学，校长王元信任女中校长，教务主任陆知非在德县中学任职，学校驻进日军。1946年6月德州解放，同年冬，校舍全部被拆除。1952年在原校址新建德州第二中学。
博文中学的校训、校歌：
校训是：“非以役人，乃役于人。”
“我们要立志做大事，不要立志做大官。”
校歌是：“美哉博文，地静风清建筑伟大形势宏。
舟车所会，名士所经交通便利见闻增。
文明进化，道德日兴，博文前途愈光明。
她是社会，她是家庭，更是全国进善旌。”
博文中学培养了大量人才，毕业于博文中学的学生在教育界、医学界成为著名教授、专家非常多。如北京大学教授，副教务长，多次到国外讲学的侯仁之，我国著名蚤类学专家李贵真（女），获医学博士学位的李庆昌。著名电影演员项堃（又名王象坤），原任德州二中副校长赵逸云等，均为博文中学毕业的学生。1986年5月，在北京举办“山东博文中学建校一百周年庆祝大会”，当时在全国各地有通讯联系的校友140人，参加校庆会的49人。
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从博文到二中